El autismo y la psicosis pueden coexistir, aunque son trastornos diferentes. Los síntomas psicóticos clásicos incluyen alucinaciones, delirios y pensamientos desorganizados, que no forman parte del diagnóstico base del autismo. Aunque la expresión clínica puede hacer difícil distinguir algunos síntomas en las personas autistas, especialmente cuando hay conductas atípicas, los síntomas psicóticos suelen implicar una pérdida del contacto con la realidad, que no ocurre en el autismo típico. 

Algunas conductas repetitivas o creencias rígidas del autismo pueden parecer delirios, pero no lo son. La ansiedad y el estrés elevados pueden inducir síntomas similares a los psicóticos (como ideas paranoides leves), sin ser una psicosis plena. También, en ocasiones, las hipersensibilidades propias se pueden confundir con alucinaciones que dificultan el diagnóstico; y las diferencias en la comunicación de algunas personas autistas puede también confundirse con los síntomas negativos de la psicosis (aplanamiento, embotamiento...). Así pues, las características propias de la persona, como el nivel de comunicación, el lenguaje o el insight de los síntomas pueden dificultar el diagnóstico y generar confusión. 

Por otro lado, hay varios estudios que indican que las personas con autismo tienen un riesgo mayor de desarrollar trastornos psicóticos como la esquizofrenia, en comparación con la población general, y podría estar relacionado con los niveles de ansiedad que presentan las personas autistas, así como en algunas diferencias en el neurodesarrollo.

Ante la duda, es importante hacer un diagnóstico diferencial, observar con detenimiento a la persona (a veces es necesaria observación longitudinal) y establecer el inicio y los patrones de los síntomas para orecer la intervención y el tratamiento más adecuados.